Oi @Tarcisio_Pereira, tudo bem?
Você consiguiu fazer o upgrade de OJS 2.4 pro OJS 3.1? Estou tendo os mesmo problema que voce enfrentou:
PHP Fatal error: Call to a member function getFileId() on null in /var/www/html/ojs3/lib/pkp/classes/submission/PKPSubmissionFileDAO.inc.php on line 1065
você poderia me dizer o que fez pra solucionar esse erro? muito obrigado.