Virus en el software

Buenos días, la página web de nuestra revista fue infectada por un virus, y cuando queremos reinstalar el OJS, el programa no toma los archivos de la página. Hay alguna forma de desinfectar los archivos ? o una forma de reinstalar sin perder toda la base de datos (teniamos subido 25 números con unos 15 o 16 artículos o secciones por revista).