Hola @avasquezd
Al subir de la v 3.1 tuviste que pasar por la versión 3.2.x y luego ya la 3.3.x
La versión 3.3.x requiere que la base de datos sea InnoDB y si tu revista está en español con una codificación utf8_general_ci es suficiente.
Seguramente tu codificación era otra, y por eso tienes ese problemas.
En el foro ya hay compañeros que han tenido el mismo problema. Puedes seguir por ejemplo esta
https://forum.pkp.sfu.ca/t/problems-displaying-utf-8-encoded-latin-characters/67387/10
Espero te ayude.